BIOINFORMATIKA

 

Kontrolinis darbas Nr.4C

 

Tema: Baltymų erdvinės struktūros modeliavimas bei modelių vertinimas

 

Darbo užduotis: sumodeliuoti tiriamo baltymo erdvinę struktūrą bent dviem metodais/būdais. Įvertinti bei aptarti sudarytų modelių kokybę, išrinkti geriausiąjį. Aptarime panaudoti modelių vizualizavimo įrankius.

 

Darbo etapai:

1. 

Duoto baltymo erdvinės struktūros modeliavimas SWISS MODEL metodu. .

2. 

Šablonų, tinkamų duoto baltymo molekulės erdvinės struktūros modeliavimui, paieška HHPRED metodu. Surastų šablonų aptarimas. Duoto baltymo erdvinės struktūros modeliavimas HHPRED/MODELLER pagalba (sudaryti 2 modelius).

3. 

Gauto baltymo struktūros modelio kokybės aptarimas, apžvelgiant ProSA-web metodu gautus analizės rezultatus.

4. 

Modelių vizualizavimo įrankių panaudojimas aptariant gautus modelius.

5p 

Gautų baltymo struktūros modelių įvertinimas pasitelkiant kitus specializuotus vertinimo metodus (QMean4, Verify3D, SOLVX, ANOLEA ar kt.).

5p nėra privalomas, skirtas papildomiems vertinimo taškams sukaupti

 

Rekomendacijos, komentarai, detalės:

1. 

Gautąją baltymo seką pateikti SWISS-MODEL serveriui struktūros modeliavimui.

2. 

Tinkamiems šablonams Prob parametras turi būti >70. Daugiau - geriau. Tinkamesniu šablonu būtų laikytinas ir tas, naudojant kurį būtų galimybė sumodeliuot didesnę pasirinktojo baltymo dalį (pagal homologinio fragmento ilgį; HHPRED rezultatų grafinėje schemoje). Dar vienas faktorius, į kurį galima būtų atkreipti dėmesį pasirenkant šabloną - PROSA z-score (tarpatominių ryšių molekulėje energetinio naudingumo įvertis). Mažesnis - geriau. Papildomais taškais būtų įvertinta jei atkreipsite dėmesį į šablonų struktūros išsprendimo tikslumą (skiriamoji geba, R faktorius) ir aptarsite, kuris šablonas geresnis šiuo aspektu. Nors KD4 tikslas nėra visos molekulės struktūros sumodeliavimas, aptarkite kaip šablonų pasirinkimas svarbus šiuo požiūriu žvelgiant į potencialius šablonus jūsų baltymo atveju. (Papildomais balais galėtų būti įvertinti samprotavimai apie modeliavimo pasitelkiant kelis šablonus ypatumus. Kokie tokio sudėtinio modeliavimo pliusai ir minusai.)

3. 

Naudojant Verify3D modelių vertinimui, išanalizuokite modelio energetinius ypatumus. Vertinant modelių kokybę galite panaudot ir vizualizavimo įrankius atkreipiant dėmesį kuri molekulės dalis yra sumodeliuota (kompaktiška) ar atvirkščiai - nesumodeliuota.

4. 

Modelių vizualizavimo metu panaudokite spalvas bei vaizdavimo skirtingus stilius tam, kad išskirti molekulės vietas (tarkim, nesumodeliuotas sritis, kurios RasMol vaizduose atrodo kaip "ištysę siūlai" arba energetiškai nenaudingas struktūros vietas). Pasinaudojant RasMol įrankiais, išmatuokite molekulės dydį.

5p. 

Verify3D pateikia modelio paskirų amino rūgščių energetinius ypatumus lentelėje, taigi, nesunkiai surastumėte amino rūgščių su "bloga energetika" eilės numerius vizualizavimui. Be to, kas paminėta prie 5p užduoties, papildomi taškai galėtų būti skirti ir už sudarytų modelių skirtingumo informatyvų atvaizdavimą (tarkim pateikiant abu gautus modelius viename RasMol lange panašiu pasukimo kampu).

 

    Naudingos nuorodos: HHPRED, SWISS MODEL, PROSA, RasWin.zip

    Tyrimo objektus kontroliniam darbui rasite čia: uzduotys.xlsx

 

    This page was last updated on 04/17/14.