BIOINFORMATIKA

 

Kontrolinis darbas Nr.4B

 

Tema: Baltymų erdvinės struktūros modeliavimas, modelių vertinimas bei vizualizavimas

 

Darbo užduotis: atlikti šablonų, tinkamų pasirinkto baltymo ervinės struktūros modeliavimui paiešką HHPRED metodo pagalba. Ištyrus šablonus, atlikti tiriamo baltymo erdvinės struktūros modeliavimą. Įvertinti bei aptarti sudarytų modelių kokybę.

 

Darbo etapai:

1. 

Šablonų, tinkamų pasirinkto baltymo molekulės erdvinės struktūros modeliavimui paieška HHPRED metodu ir surastų šablonų aptarimas. .

2. 

Pasirinkto baltymo erdvinės struktūros modeliavimas (HHPRED/MODELLER).

3. 

Gautų baltymo struktūros modelių kokybės aptarimas. Bent vieno specializuoto vertinimo metodo panaudojimas (Verify3D?).

4. 

Gautų baltymo struktūros modelių vizualizavimas.

5p 

Gautų baltymo struktūros modelių įvertinimas pasitelkiant kitus specializuotus vertinimo metodus (ProSA-web, Verify3D, ANOLEA ir kt.), modelių kokybės aptarimas.

5p nėra privalomas, skirtas papildomiems vertinimo taškams sukaupti

 

Rekomendacijos, komentarai, detalės:

1. 

Tinkamiems šablonams Prob parametras turi būti >70. Tinkamesniu šablonu būtų laikytinas ir tas, naudojant kurį būtų galimybė sumodeliuot didesnę pasirinktojo baltymo dalį (pagal homologinio fragmento ilgį; HHPRED rezultatų grafinėje schemoje). Dar vienas faktorius, į kurį galima būtų atkreipti dėmesį pasirenkant šabloną - PROSA z-score (tarpatominių ryšių molekulėje energetinio naudingumo įvertis). Jis turi būti kuo mažesnis. Papildomų taškų nusipelnytumėte, jei atkreipsite dėmesį į šablonų struktūros išsprendimo tikslumą (skiriamoji geba, R faktorius) ir aptarsite kaip jie svarbūs siekiant kokybiško modelio. Nors KD4 tikslas nėra visos molekulės struktūros sumodeliavimas, papildomų taškų užsidirbsite aptarę kaip šablonų pasirinkimas svarbus šiuo požiūriu žvelgiant į potencialius šablonus jūsų baltymo atveju. (Kelių šablonų panaudojimas, tokio modeliavimo pliusai ir minusai.)

2. 

Sudarykite vieną (galima ir kelis :)) modelį HHPRED/MODELLER metodu pasirenkant "manually selected templates" būdą.

3. 

Vertinant modelių kokybę atkreipkite dėmesį kuri molekulės dalis yra sumodeliuota (kompaktiška). Aptariant panaudokite bent vieno vertinimo metodo pritaikymo rezultatus (ProSA, Verify3D, ANOLEA, Solvx ar kt.)

4. 

Modelių vizualizavimo metu panaudokite spalvas bei vaizdavimo skirtingus stilius tam, kad išskirti molekulės vietas (tarkim, nesumodeliuotas sritis, kurios RasMol vaizduose atrodo kaip "ištysę siūlai" arba energetiškai nenaudingas struktūros vietas, žinomas iš modelių kokybės vertinimo metodų pritaikymo rezultatų)

5p. 

Be to, kas paminėta prie 5p užduoties, papildomi taškai galėtų būti skirti ir už sudarytų modelių skirtingumo informatyvų atvaizdavimą (jei buvo sudaryti keli modeliai (DaliLite struktūrų superpozicijos metodo panaudojimas)).

 

    Naudingos nuorodos: HHPRED, SWISS MODEL, PROSA, RasWin.zip

    Tyrimo objektus kontroliniam darbui rasite čia: uzduotys.xlsx

 

    This page was last updated on 04/25/13.