BIOINFORMATIKA

 

Kontrolinis darbas Nr.4A

 

Tema: Baltymų erdvinės struktūros modeliavimas bei modelių vertinimas

 

Darbo užduotis: sumodeliuoti tiriamo baltymo erdvinę struktūrą bent dviem metodais/būdais. Įvertinti bei aptarti sudarytų modelių kokybę. Aptarime panaudoti modelių vizualizavimo įrankius.

 

Darbo etapai:

1. 

Duoto baltymo erdvinės struktūros modeliavimas SWISS MODEL metodu. .

2. 

Šablonų, tinkamų duoto baltymo molekulės erdvinės struktūros modeliavimui, paieška HHPRED metodu. Surastų šablonų aptarimas. Duoto baltymo erdvinės struktūros modeliavimas HHPRED/MODELLER pagalba (2 modeliai).

3. 

Gautų baltymo struktūros modelių kokybės aptarimas, apžvelgiant ProSA-web (ar QMEAN) metodu gautus analizės rezultatus.

4. 

Modelių vizualizavimo įrankių panaudojimas aptariant gautus modelius.

5p 

Gautų baltymo struktūros modelių įvertinimas pasitelkiant kitus specializuotus vertinimo metodus (QMEAN4, Verify3D, SOLVX, ANOLEA ar kt.).

5p nėra privalomas, skirtas papildomiems vertinimo taškams sukaupti

 

Darbo eiga (detalės, reikalavimai) KD4A_etapai

 

    Naudingos nuorodos: HHPRED, SWISS MODEL, ProSA_web, QMEAN_server, PyMol tutorial, Educational PyMol license, RasWin.zip

    Tyrimo objektus kontroliniam darbui rasite čia: uzduotys.xlsx

    Praktinės užduoties objektas: WP_036489744

 

    This page was last updated on 14/12/2016.