BIOINFORMATIKA

 

Kontrolinis darbas Nr.3B

 

Tema: Daugybinė baltymų sekų analizė

 

Darbo užduotis: duotajam baltymui iš sekų duomenų bazės surinkti superšeimos atstovus, suklasterizuoti ir ištirti didžiausiojo klasterio konservatyvų sekos rajoną.

 

Darbo etapai:

1. 

Duotojo baltymo superšeimos atstovus surinkite naudojant PSI-BLAST metodą (4 iteracijos, SWISS PROT DB)

2. 

Atrinktųjų homologų klasterizavimas CLANS metodu.

3. 

Daugybinių sekos palyginių sudarymas MAFFT metodu.

4. 

Daugybinio sekų palyginio vizualizavimas ir konservatyvių sričių atrinkimas pasitelkiant JALVIEW (ALIGNMENT VIEWER).

5. 

Konservatyvių sričių analizė pasitelkiant WebLogo.

 

Rekomendacijos, komentarai, detalės:

1.  

Iš ncbi pagal gautąjį kodą pasiimkite baltymo seką, kurią įkelkite į PSI-BLAST homologų paieškos programą. Nustatykite SWISS-PROT db, Max target sequences 20000, Expect threshold 0.005. Persikelkite "Accession" kodus į MS Excel ir ištraukite ~300 atstovų dalinį sąrašą. Pasinaudojant BATCH ENTREZ sudarykite pasirinktų baltymų sekų FASTA formato biblioteką.

2. 

Pirmame etape gautą biblioteką pateikite CLANS baltymų sekų klasterizavimo programai. Ištirkite klasterių dydžio kitimą keičiant ribinį sekų panašumo įvertį. Tolimesnei analizei pasiimkite identifikuotą funkciškai homogenišką didžiausiąjį klasterį.

3. 

MAFFT programos pagalba sudarykite daugybinį sekų palyginį.

4. 

Gautąjį sekų palyginį vizualizuokite JALVIEW (ALIGNMENTVIEWER) programa. Pasinaudodami šios programos įrankiais iškirpkite konservatyviausią palyginio sritį. (Aprašykite sekų konservatyvumą, pateikite argumentaciją išrenkant konservatyvų rajoną)

5. 

Naudodami WebLogo sudarykite išskirto rajono konservatyvumo logo. Aprašykite svarbiausius rajono ypatumus.

 

    Naudingos nuorodos: [BLAST/PSI-BLAST] [BATCH ENTREZ] [CLANS] [MAFFT] [WebLogo]

 

    Tyrimo objektus kontroliniam darbui rasite čia: KD3B_uzduotys

 

    This page was last updated on 11/10/2014.