BIOINFORMATIKA

 

Kontrolinis darbas Nr.3A

 

Tema: Daugybinė baltymų sekų analizė

 

Darbo užduotis: duotajam baltymui iš sekų duomenų bazės surinkti superšeimos atstovus, suklasterizuoti ir palyginti dviejų didžiausių klasterių sekas.

 

Darbo etapai:

1. 

Duotojo baltymo superšeimos atstovus surinkite naudojant PSI-BLAST metodą (4 iteracijos, SWISS PROT DB)

2. 

Atrinktųjų homologų klasterizavimas CLANS metodu. (~500)

3. 

Daugybinių sekos palyginių sudarymas MAFFT metodu.

4. 

Daugybinių sekos palyginių vizualizavimas ir konservatyvių sričių atrinkimas pasitelkiant JALVIEW (ALIGNMENT VIEWER).

5. 

Konservatyvių sričių analizė pasitelkiant WebLogo.

 

Rekomendacijos, komentarai, detalės: ČIA(etapai [Word doc]), ČIA(KD3 schema [ppt]) ir ČIA(Excel pavyzdys)

1. 

2. 

3. 

4. 

5. 

 

    Naudingos nuorodos: BLAST/PSI-BLAST BATCH ENTREZ CLANS CLANS2 MAFFT MAFFT2 WebLogo

 

    Tyrimo objektus kontroliniam darbui rasite čia: KD3A_uzduotys

 

    This page was last updated on 11/23/2016.