BIOINFORMATIKA

 

Kontrolinis darbas Nr.2C

 

Tema: Baltymo BLAST homologų funkcinė analizė

 

Darbo užduotis: surinkti duoto baltymo homologus BLAST metodu bei ištirti homologų pavadinimuose sutinkamų žodžių paplitimą. Kombinuojant išskirtinius raktinius žodžius, nuspėti analizuoto baltymo funkciją. Pateikti faktus, iš kurių galima būtų spręsti apie spėjimo/ų patikimumą.

 

Darbo etapai:

1. 

Duotajam baltymui atlikti homologų paiešką BLAST metodu. (Naudoti standartinius BLAST programos parametrus apart "Max target sequences" nustatyti 20000 bei Expect threshold keisti į 0.01)

2. 

Perkelti BLAST paieškos rezultatus į Microsoft Excel.(homologų vardus bei panašumo E-value reikšmes)

3. 

Sudaryti visų žodžių, surastų homologų pavadinimuose, sąrašą bei įvertinti jų paplitimą. Atrinkti 100 populiariausių (atrankos Metodas1[COUNT]).

4. 

Ištirti 100 ar daugiau atrinktų (3 etape) raktinių žodžių paplitimą tarpe visų homologų alternatyviu metodu (atrankos Metodas2[SEARCH]). Atrinkti 10 pačių reikšmingiausių.()

5. 

Sudarant įvairias atrinktų pačių reikšmingiausių raktinių žodžių kombinacijas identifikuoti bent tris išskirtinai reikšmingas kombinacijas (arba bent dvi ir ištirti dar bent 5 kombinacijas arba bent vieną ir ištirti dar bent 10 kombinacijų). (sankiba > 0,70)

6. 

Apibendrinti atrinktus žodžius bei jų kombinacijas nusakant analizuoto baltymo funkciją. (pasinaudoti informaciniais resursais internete ieškant informacijos apie atrinktas frazes)

7p. 

Atrinktiems bei aptartiems 4 etape raktiniams žodžiams surasti "svorio centrus". Aptarti jų padėtis (kaip toli nuo sąrašo vidurio ar vienų nuo kitų)("svorio centras" - homologų, turinčių pavadinime analizuojamą raktinį žodi, eilės numerių homologų sąraše aritmetinis vidurkis)

Atlikus 7p galima sukaupti papildomų taškų. Šis etapas nėra privalomas.

 

Rekomendacijos, komentarai:

1. 

.

 

    Naudingos nuorodos: BLAST

    Tyrimo objektus kontroliniam darbui rasite čia: uzduotys.xlsx

 

    This page was last updated on 18/10/2017.