BIOINFORMATIKA

 

Kontrolinis darbas Nr.1

 

Tema: Biologinės pakraipos duomenų bazės bei SRS paieška. Loginiai jungtukai informacijos paieškoje

 

Darbo užduotis: pademonstruoti sugebėjimus ieškant informacijos biologinės pakraipos duomenų bazėse bei vykdant išplėstinę paiešką pasinaudojant EBI SRS bei loginiais jungtukais

 

Pasirinkus bent penkias skirtingo informacijos pobūdžio duomenų bazes, kiekvienos jų atveju:

1. 

Trumpai apibūdinti pasirinktą duomenų bazę (DB) (informacijos pobūdis, informacijos šaltiniai ar kita)

2. 

Aprašyti tikslinės (įvardinkite tikslą/us prieš paiešką!) informacijos paiešką pasirinktoje DB (nurodyti kokia įvadinė informacija bus/buvo panaudota paieškos metu (pvz.: raktiniai žodžiai, EC numeriai, amino rūgščių seka ar/ir kita), kurie įvadiniai laukai panaudoti)

3. 

Aprašyti paieškos rezultatus (kiekis ir kokybė; jei rezultatai buvo nevienareikšmiai - pagrįsti pasirinkimą)

4p 

Įvardinkite kitus tikslus pasirenkant duomenų bazes (kur ir kaip bus/galėtų būti panaudota ištraukta informacija? Kokiuose eksperimentuose, skaičiavimuose, modeliavime, prognozavime ir pan.)

4p nėra privalomas, papildomiems vertinimo taškams sukaupti (bus panaudoti užpildant tobulumo spragas pagrindinėje dalyje (1-3))

 

Rekomendacijos, komentarai:

1. 

Šiam darbui pasirinkite įvairiapusiškai ištirtą objektą - tokiu atveju informaciją lengvai surasite įvairaus pobūdžio duomenų bazėse ir lengvai suformuosite reikiamą atsiskaitymui duomenų bazių penketuką

2. 

EBI SRS išplėstinę paiešką (atliekama per du etapus: 1) DB pasirinkimas [Library page] ir 2) paieška [Query page]) pritaikykite ieškodami geno nukleotidų sekos (EMBL DB). Ir SRS įvykdysite ir vieną iš penkių DB pridėsite vienu "šūviu" (nepamirškite aprašyti abu aspektus - tiek išplėstinę paiešką tiek ir darbą su duomenų baze). Kad būtų užskaityta SRS išplėstinė paieška Jums reikės panaudoti bent du iš keturių raktiniams žodžiams įvesti skirtus laukus. Gebėjimas pasinaudoti loginiais jungtukais bus užskaitytas jei teisingai, pakankamai efektyviai ir pagrįstai (pagrįsit!) panaudosite OR arba NOT (| arba !) jungtukus. Pagrindžiant pateikite faktinių duomenų (paieškos rezultatų palyginimas nenaudojant ir panaudojus įvairias logines raktinių žodžių kombinacijas)

3. 

Informacijai paimti naudokite tik specializuotas duomenų bazes ir pateikite paieškos rezultate tik informaciją, atitinkančią tos DB specializaciją (amino rūgščių sekos paieškai naudokite baltymų sekų duomenų bazes (tarkime - UniProt, SwissProt), duomenis apie fermentų nomenklatūrą imkite iš atitinkamos specifikos DB ("Enzyme Nomenclature") ir pan. Kaip DB nebus užskaitytos plačios specializacijos DB ar jų katalogai, kaip antai "NCBI", "EBI", "ENTREZ" ar pan. "duomenų bazės".

 

    Naudingos nuorodos: 2012 NAR DB (category) (alphabetical); EBI SRS

 

    Tyrimo objektus kontroliniam darbui rasite čia: uzduotys.xlsx

    This page was last updated on 09/20/2012.