BIOINFORMATIKA

 Kontroliniai darbai:

KD1:

Biologinės pakraipos duomenų bazės bei SRS paieška. Loginiai jungtukai informacijos paieškoje

KD1A:

Biologinės pakraipos duomenų bazės bei SRS paieška. Loginiai jungtukai informacijos paieškoje

KD1B:

Biologinės pakraipos duomenų bazės. Išplėstinė informacijos paieška. Loginiai jungtukai informacijos paieškoje

KD2:

Homologų paieškos BLAST metodu optimizavimas

KD2B:

Baltymo BLAST homologų funkcinė analizė

KD2C:

Baltymo BLAST homologų funkcinė analizė

KD3:

Homologų paieška PSI-BLAST metodu

KD3A:

Dviejų baltymų šeimų superšeimoje sekos konservatyvių sričių analizė

KD3B:

Daugybinė sekų analizė: baltymų šeimos superšeimoje sekos konservatyvių sričių ištyrimas

KD3C:

Dviejų baltymų šeimų superšeimoje sekos konservatyvių sričių analizė

KD4:

Baltymo erdvinės struktūros modeliavimas

KD4A:

Baltymo erdvinės struktūros modeliavimas

KD4B:

Baltymo erdvinės struktūros modeliavimas (vakarinė mankšta, adaptuota jaunimui)

KD4C:

Baltymo erdvinės struktūros modeliavimas

 

 Praktinės užduotys:

PU1:

PSI-BLAST profilio sudarymas, įverčių normavimas

PU2a:

Atsitiktinis sekų panašumas

PU2:

DotPlot tipo matricų sudarymas MS Excel pagalba

PU3:

Baltymo funkcinė analizė (pasitelkiant BLAST homologų paieškos rezultatus); BLAST_results

PU4:

PU4

PU5:

Daugybinė baltymų sekų analizė (PSI-BLAST --> CLANS --> MAFFT --> WebLogo)

PU6:

PU6

PU7:

Excel automatinis programavimas, VB programos, user-defined funkcijos

 

 Nuorodų teminiai rinkiniai:

I. 

Bioinformatikos apibrėžimas, vieta, praeitis, dabartis ir ateitis

II. 

Bioinformatikos duomenų bazės   

III. 

Sekų analizės programos

IV. 

Homologijų paieška (algoritmai)

V. 

Homologijų paieška (kompiuterinės programos)   

VI. 

Daugybiniai sekų palyginiai (algoritmai ir programos)

VII. 

Baltymo antrinės struktūros nuspėjimas

    Naudingos nuorodos (institucijos, servisai ir kt.)

    Duomenų bazės

 

Literatūra:

Geoffrey J. Barton, "Protein Sequence Alignment and Database Scanning"

Max Planck Institute for Molecular Genetics, Online Lectures on Bioinformatics

Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, Second Edition, Andreas D. Baxevanis, B.F. Francis Ouellette

 

    This page was last updated on 11/06/2014.